Nawracające przegrupowania chromosomu 1q21.1 i zmienne fenotypy pediatryczne ad

Niedawno wykryto doniesienia o mikrodelecjach lub duplikacjach z pozornie niepełną penetracją i zmienną ekspresją w upośledzeniu umysłowym – mnogich wrodzonych anomaliach, autyzmie i innych zaburzeniach psychicznych.12-16 Mikrodelecje 1q21.1 związane z zespołem promienia małopłytkowości są konieczne, ale niewystarczające, by wywoływać choroby17. W miarę gromadzenia się tych informacji staje się jasne, że fenotypy związane z nierównowagą niektórych regionów genomu mogą być zmienne, a modyfikatory prawdopodobnie odgrywają ważną rolę. Stwierdzenie i opisanie pacjentów z konkretnym przegrupowaniem chromosomalnym ma istotny wpływ na spektrum fenotypów z nim związanych. Metody
Populacje pacjentów
Próbki DNA zostały pobrane z serii opisanych w Tabeli 1A i Tabeli 1B w Dodatkowym Dodatku (dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org) po zatwierdzeniu przez lokalne rady ds. Przeglądu instytucjonalnego w każdym z uczestniczących centrów w Europie i Stany Zjednoczone. Seria i 2, od 4 do 11, od 13 do 15 oraz holenderska seria 788 pacjentów pochodziła z diagnostycznych ośrodków referencyjnych, do których większość pacjentów (95%) skierowano do upośledzenia umysłowego z innymi cechami lub bez nich. Seria 3 i 12 obejmuje probandy z rozpoznaniem autyzmu według kryteriów ADIS (Autism Diagnostic Interview-Revised) i ADI (Autism Diagnostic Observation Schedule). Pisemną świadomą zgodę udzielili wszyscy pacjenci lub, w przypadku dzieci, ich rodzice lub opiekunowie.
Określanie zmiany w liczbie kopii
Dotknięte osoby
Metodę kontroli pod kątem zmian liczby kopii dla każdej serii przedstawiono w tabeli 1A w dodatkowym dodatku. Holenderska seria pacjentów była badana przesiewowo za pomocą matrycowego CGH z użyciem mikromacierzy bakteryjnej sztucznego chromosomu, jak opisano w Tabeli 1B w dodatkowym dodatku. Ponowne uporządkowanie 1q21.1 poddano dalszej analizie z użyciem niestandardowych macierzy oligonukleotydowych (systemy NimbleGen). Szczegóły podano w sekcji Metody w dodatkowym dodatku 18-20
Osoby nienaruszone
Oceniliśmy 2063 osób, których nie dotknięto, używając HumanHap 300, HumanHap 550 lub HumanHap 650Y Genotyping BeadChips (Illumina) (Tabela 2 w dodatkowym dodatku, odpowiednio, 91, 206 lub 212 sondy, w krytycznym regionie). Hybrydyzacja, analiza danych i analiza liczby kopii, ze szczególnym odniesieniem do chromosomu 1q21.1 (mapowanie między współrzędnymi genomu 143,500 000 i 145 000 000 na chromosomie 1, według National Center for Biotechnology Information [NCBI] build 35), przeprowadzono zgodnie z opublikowanym Protokoły.21 Oceniliśmy także 300 osób nie dotkniętych chorobą, stosując ilościowy test reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (PCR) na zmiany liczby kopii w pięciu loci w regionie minimalnej delecji (lista primerów dostępna na życzenie). Szczegóły dotyczące tego testu, jak również informacje o ilościowym PCR TaąMan, badaniach metylacji DNA, analizie sekwencji i fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) podano w Dodatku Uzupełniającym.
Wyniki
Chromosom 1q21.1 Przegrupowania u osób dotkniętych
Tabela 1
[podobne: Wąsonogi, adapalen, meble pracowniczne ]

Powiązane tematy z artykułem: adapalen meble pracowniczne Wąsonogi