Nawracające przegrupowania chromosomu 1q21.1 i zmienne fenotypy pediatryczne ad 5

Z pozostałych ośmiu pacjentów z powieleniem, dwóch miało dziedziczenie po nietkniętym ojcu, dwóch miało duplikację de novo (rodzic nieznany nie był znany), a czworo nie miało dostępnego DNA rodzicielskiego do analizy. Czterech z ośmiu pacjentów z powieleniem (50,0%) miało autyzm lub zachowanie autystyczne (Tabela 3 w Dodatku Uzupełniającym). Inne powszechne fenotypowe cechy ośmiu nośników powielania obejmują łagodne lub umiarkowane upośledzenie umysłowe (w pięciu [62,5%]), makrocefalię lub względną makrocefalię (w czterech [50,0%]) i łagodne cechy dysmorficzne (w pięciu [62,5%] ). W niezależnej próbie 788 pacjentów z upośledzeniem umysłowym i wrodzonymi anomaliami z Holandii, zidentyfikowaliśmy delecję u 3 pacjentów (0,4%) i duplikację u kolejnych 3 pacjentów (0,4%). Cechy fenotypowe i wzorce dziedziczenia tych pacjentów są wymienione w Tabeli 1B Dodatku Uzupełniającego.
Skreślenia i duplikacje u osób nie będących osobami dotkniętymi
Aby ocenić częstość rearanżacji 1q21.1 w populacji ogólnej, oceniliśmy dane dotyczące liczby kopii z trzech populacji kontrolnych: 2063 osób oceniano za pomocą polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (SNP) -genotypowanie układów koralików21 (Herara A: komunikacja osobista), 300 osób oceniono za pomocą ilościowego PCR wykonanego na próbkach z pięciu różnych lokalizacji w obrębie regionu minimalnej delecji i 2374 osoby z wcześniej opublikowanych badań, dla których genotypowano zmienność liczby kopii regionu 1q21.1 (Tabela 2 w Dodatku Dodatek). 18, 20, 23-29 W tej serii 4737 kontroli nie znaleziono delecji regionu 1q21.1 minimum-deletion. Dwie kontrole miały jedno małe powielenie (117 kb i 184 kb) na dystalnym końcu regionu minimalnej delecji, a tylko jedna kontrola potwierdziła duplikację całego minimalnego regionu przegrupowania 1q21.129 (Feuk L: komunikacja osobista). Tak więc częstotliwość delecji 1,35-Mb jest wyraźnie zwiększona u osób dotkniętych chorobą w porównaniu z grupą kontrolną (25 z 5218 pacjentów vs. 0 z 4737 kontroli, P = 1,1 x 10-7 według dokładnego testu Fishera). Chociaż wykrywany z mniejszą częstotliwością w naszej serii, wzajemna duplikacja wydaje się również być wzbogacona u osób dotkniętych chorobą (9 z 5218 pacjentów, w porównaniu z z 4737 kontroli, P = 0,02 według dokładnego testu Fishera).
Struktura genomowa regionu 1q21.1
Struktura genomowa regionów z punktami przerwania 1q21.1 jest niezwykle złożona, z co najmniej czterema dużymi blokami powielenia segmentowego o rozmiarach od 270 kb do 2,2 Mb (rysunek i rysunek w dodatkowym dodatku), z których większość wykazuje kopię – liczba polimorfizmów w populacji ogólnej 25, 27 (patrz także Baza danych wariantów genomowych, http://projects.tcag.ca/variation/). Opisano również duży polimorfizm inwersji, który obejmuje powtarzający się obszar delecji-duplikacji, cechę związaną z wieloma innymi nawracającymi zaburzeniami genomu.27,30 Złożoność 1q21.1 jest podkreślona przez fakt, że wciąż pozostaje 15 luk montażowych, reprezentujący około 700 kb brakującej sekwencji, w najnowszym kompilacji genomu NCBI (kompilacja 36). Z 5,4 MB sekwencji w granicach 1q21.1 tylko 25% reprezentuje unikalną (tj. Nieupuplikowaną) sekwencję.
Chociaż złożoność regionu komplikuje starania mapowania, nasze wyniki CGH oparte na macierzy o wysokiej gęstości pokazują, że proksymalne i dystalne punkty przerwania zdarzeń duplikacji delecji są mapowane w dużych blokach duplikacji segmentów.
[hasła pokrewne: Wąsonogi, usuwanie blizn potrądzikowych, meble pracowniczne ]

Powiązane tematy z artykułem: meble pracowniczne usuwanie blizn potrądzikowych Wąsonogi